但王国之心系列的剧情零散且复杂，
且不论小说、访谈、漫画等等其他媒体的剧情，
光是游戏剧情就令人相当难以理解了。
为了方便各大玩家对王国之心3的整体剧情进行理解，
所以笔者在这里将王国之心系列的剧情进行相关的整理，
并按照游戏内的时间线，提供尽可能完整的剧情内容。
注1：
主要剧情内容来自游戏，
时间线主要依：
《王国之心 χ Back Cover》+《王国之心 χ》
→《王国之心 Unchained χ》+《王国之心 Union X》
→《王国之心 Birth by Sleep Final Mix》
→《王国之心 Final Mix》+《王国之心 0.2 Birth by Sleep -A fragmentary passage-》
→《王国之心 Re:Chain of Memories》+《王国之心 358/2 Days》
→《王国之心 II Final Mix》
→《王国之心 Re:Coded》
→《王国之心 Dream Drop Distance HD》
游戏版本以1.5HD、2.5HD及2.8内为准。
注2：
《王国之心 Union X》游戏剧情仍然在更新，不排除之后有设定和剧情上的变更，还望见谅。
注3：
发行较早的游戏，某些设定可能已经被后作设定所替代，这里不会故意提及以往的设定。
注4：
部分内容来自游戏内文字记录、小说、音乐会、访谈、攻略本、漫画等媒体，其参考优先次序为：攻略本→野村哲也访谈→游戏内容→由野村书写的其他剧本内容（如音乐会、小册子）→小说→漫画，
当中以野村哲也亲自书写的内容为最优先考虑。
注5：
由于剧情过多，不会特意标注内容来源。
注6：
王国之心系列剧情过于庞大复杂，笔者或有纰漏，还望读者们多多见谅。
《王国之心 χ Back Cover》+《王国之心 χ》
「所有的世界，此时还是一个不存在隔阂的整体，有朝一日，被后世所称为童话世界的时代，起始于这个黎明的城镇。」
-王国之心 χ Back Cover 前
KHχ的故事发生在距离Birth by Sleep约100多年前的时代，这时世界充满着光，多个世界无隔阂的相互连接，让大地无限延续。
在这个充满光的世界之中，有著名为「王国之心」（Kingdom Hearts）的存在，人们普遍认为是「王国之心」为世界带来了光明，是一切光明的起源，那束伟大的光为各个世界带来了光明。
全世界的人们都毫无质疑地去相信那束光，世界完全依赖于「王国之心」，然而一旦失去了「王国之心」，世界将会被黑暗复盖，所以「王国之心」被一把名叫「χ-blade」的武器守护着。
在这样的世界下，有一天，一个被后世称为「大导师」(Master of masters) 的人，知晓了「χ-blade」的存在，并模仿「χ-blade」创造出了键刃（Keyblade），成为了第一个能够使用键刃的人，大导师正是创造了键刃的人，也就是所有「Masters」的「Master」。
由于大导师拥有著能看见未来的眼睛，出于对未来的担忧，他书写出一本记录了从古到今会发生的所有事情的书，并称为「预知书」。
然后，大导师再以自己作为中心，收了六名弟子，Ira（独角兽）、Invi（蛇）、Aced（熊）、Gula（豹）、Ava（狐）和Luxu，并教授他们使用键刃，创立了键刃的流派。
-王国之心 χ Back Cover
大导师将预言书的「 复写本 」交给了除Luxu以外的五名弟子，五名弟子发现了预言书最后一节所记载的末日，于是他们决定传播光之守护者的意志，并进一步增加键刃使用者的数量，以此来阻止「世界将被永恒的黑暗所笼罩」的未来到来。
之后，大导师把除Luxu以外的五名弟子召集在一起，为了帮助五人，创造了名为Chirithy的生物，以便他们找出被黑暗侵染的人。
五名弟子便基于大导师的教诲，建立了各自的阵营，结成联盟，集结能成为键刃使用者的同志们 ，开始了通过讨伐无心来收集光的行动。
大导师向六名弟子传达了各自不同的使命，首先是Luxu，为了让大导师观察到未来，由此确立书写预知书的过去，他得到一个神秘的黑箱子，以及由大导师的一只眼睛制作而成，名为「No Name」的键刃。
大导师让弟子Luxu和其之后的弟子不断地传承No Name，在这时代的大导师便可透过No Name上的注视之眼，持续注视遥远的未来，得知未来的一切，由此写出了记录一切未来的预知书。
Ira负责代替大导师引领键刃使用者。
Invi负责监视其他人，维持联盟的平衡。
Aced负责支援Ira。
Gula负责解开预言书的谜团，找出背叛者，阻止他的阴谋。
Ava负责建立一个不在联盟之内的另一个组织，名叫「蒲公英」(Dandelion)，以避免键刃大战爆发后所有生命殆尽。
在六人都得到使命后，Luxu拿著黑箱子和No Name消失在人们视野之中，随后不久，大导师也忽然消失了。
-王国之心 χ
「我祈求，不论面对多么绝望的境况，人们都愿去相信，那一缕可见的希望与梦，直至最后的瞬间。」
在大导师失踪后，χ的主角Player（玩家自己）因为谋求光明，获得了驱逐黑暗力量的光之力 —— 键刃，于是Player就加入了键刃联盟，开始通过讨伐暗之魔物 —— 无心，由此来收集光来守护世界。
而此时Player手上的键刃还是不完全的状态，将力量引发出来的「东西」是非常必要的，那就是在χ中所见到的被称为「断章」的卡片。如果Player没有使用卡片的话，他的键刃就不能发出攻击了。
之后Player便为了守护世界的光明，服从命令，开始到外面的世界消灭无心。
另一方面，梦魇Chirithy出现，开始向联盟的其他键刃使用者派发「罪之手环」，让他们在打倒无心后收集「罪」的力量。
在这一段时间之后，Ira把其余四人召来，展开圆桌会议。指出梦魇Chirithy和堕入黑暗的叛徒是存在的，但因为意见不合，最终五人不欢而散。
Ira向Invi说出了自己的预知书并没有与「键刃大战」相关的记录，怀疑自己的预知书缺失了一页，而这页当中正是记载了叛徒的事情。
某一天，Player与陣營中另外三人组在黎明镇(Daybreak Town)相遇，四人一起合作到各处击败无心，并约好在商店重聚，但最后其余三人并没有回来。
Player的Chirithy找到另外三人的Chirithy，发现它正在消失。原来NPC三人组被无心打败而消散了，而这只Chirithy因主人之死也要消散了，得知这情况的Chirithy回到商店，欺骗Player说他们已经回去了。
几天后，Player在黎明镇喷泉旁边见到另一只Chirithy。这只Chirithy说是奉Master的命令，来送他「罪之手环」的。就这样，Player得到了「罪之手环」。
另一方面，在会议几天后，Aced找来Gula、Ava和Invi，于仓库提出同盟邀请，希望一起行动来找出叛徒，最终只有Gula答应。
同一天，Player与Ephemer相遇，一起战斗，成为了朋友，他们约好明天早上再一起组队。
在两人分别后，Ephemer在喷泉见到了Ava，借机询问关于预知书的真相，可惜失败。在开解了因同门各自行动而不开心的Ava后离开。
同一天晚上，Ephemer进入时计塔下水道时，碰上了一个黑衣人，随即失踪。
Player之后三天都在喷泉等待Ephemer，但没有等到。
Player决定进入下水道寻找Ephemer。却遭到了Ava的阻止。一番苦战后，尚有余力的Ava放过了Player，并命令他不许再进来下水道。
之后，Ava在山顶与Ephemer会面，让他成为了蒲公英的领导者(Leaders)，并告知了有关「Union Cross」的事情。
与此同时，Gula因找寻叛徒未果，和Aced断绝了同盟关系。
在一段时间后，一个名叫Skuld的女孩子为了找到失踪的Ephemer而找到了Player，两人都在梦中都听见Ephemer说「世界即将毁灭」，决定前往下水道进入时计塔找出真相。
途中二人看见了在战斗中的Aced和Invi，开始担心了起来。继续前进后，见到了梦魇Chirithy，
梦魇Chirithy为了阻止他们前进，放出了三只会说话的怪物 —— 黑装束(Darkling)，来攻击他们。
在二人合力打败怪物后，我方Chirithy指出这些怪物正是由键刃使用者使用黑暗力量之后，堕落而成的怪物，梦魇Chirithy随即撤退了。
与此同时，Aced与Invi决裂，Aced与Invi、Ava、Gula战斗，Aced不敌逃走。
Player和Skuld继续前进，走进了Masters们的房间，却被阵营Master发现了。
阵营Master声称自己因Ephemer背叛，已经杀了他。Player奋起，为了朋友打败了阵营Master。
紧接着两人忽然回到了下水道，原来刚才一切都是Ava放出来的幻影，目的是为了测试二人有没有资格加入「蒲公英」。
「蒲公英」是让一部分有资格的键刃使用者，进入一个犹如梦中的空间「追体验空间」，以此避过毁灭世界的键刃大战，而现在Ephemer也在这组织内。
Ava邀请Player和Skuld加入，Skuld答应了，Player因以「仍有朋友在这个世界」而拒绝了，他决定留在这个世界阻止战争。
同一时间，Aced在战斗后受了重伤，躲在了仓库内。Gula则认为Aced是叛徒而前来抹杀他，却被Aced所打败了。
受伤的Aced遇上了Ira，Ira选择原谅并相信Aced。Aced告知Ira，Gula身上有记载叛徒的缺失的一页预知书。之后Ira开始搜索Gula，Ava把Gula藏在天桥之下，并引开了Ira。
Gula眼见联盟决裂，计划失败，决定放弃找出叛徒的使命，转而收集大量的光，召唤出「王国之心」，以引出大导师解决一切问题。
Gula邀请Ava加入他，可Ava指召唤「王国之心」是禁忌，拒绝了他。
几天后，Ava与Invi在天桥对话，最终两人决定一起收集大量的光，以维持联盟间实力的平衡。
最后，Ava于喷泉向「蒲公英」成员演讲，希望他们成为希望的种子，不参与键刃大战，而向外面启程。
同时，一个名叫Strelitzia的女孩子，一直在别处观察Player，希望有朝一天能和他说话，并开始在各个世界默默守护Player。
及后，Ava找到了Strelitzia，并让她成为了「蒲公英」的领导者，但Strelitzia得知了世界即将灭亡，她希望告知Player。
翌日，她在找寻Player途中被黑衣人所杀死，作为领导者证明的「規定之書」也被夺走。
数月后，阵营纠纷加剧，Player与Aced因纠纷展开战斗，Ira之后从中阻止。Aced和Ira两人决裂，及后Player和Skuld找到了隐藏行踪的Gula，得知了一部分缺失一页的内容。
同一时间，Ava于山顶见到Luxu，得知了一切真相后与Luxu战斗。
Skuld劝Player进入「蒲公英」不果，进入了「追体验空间」。
这之后Player见到了梦魇Chirithy，得知了它的真正主人正是自己，是自己在收集罪，令这只Chirithy变成梦魇，而这只梦魇和黑装束融合变成一种新的怪物，向Player挑战。
最终Player打败梦魇Chirithy，梦魇Chirithy只留下一句「让我们在下一个梦再见吧」便消失了。
数月后，键刀大战爆发，包括五位Masters在内的键刃使用者相互厮杀。Player尝试阻止键刃大战，虽然击退了五位Masters，但最终还是倒下了。
最终世界毁灭，只剩下物质存在。
《王国之心 Unchained χ》+《王国之心 Union X》
-王国之心 Unchained χ 前
「尽管如此，还是有微小的光之欠片留存了下来，它就留在每个孩子的心中。孩子们利用光之欠片的力量，重新构筑了之前消失的世界，那就是，我们现在的世界。」
键刃战争使「χ-blade」破碎成7片光和13片暗，失去「χ-blade」保护的「王国之心」隐藏在黑暗之中，最终使黑暗吞噬了整个世界。
孩子们利用光之欠片的力量，重新构筑了之前消失的世界。但光之世界遭到分裂，变成了一个又一个的小世界，而这些世界为了避免再次发生大战，将自己都复盖上了一层障壁，断绝了相互之间的接触。
-王国之心 Unchained χ
在Player逝去之前，Ephemer和Skuld把Player拉进了追体验空间。
因大导师认为悲伤会引出黑暗，除了领导者外，其余「蒲公英」成员必须进入「追体验空间」，让「蒲公英」成员结成伙伴，一起守护虚拟的世界，清除过往的记忆，重新体验一次没有键刃战争的χ的历史，由此复写以往悲伤的记忆。
及后，《王国之心I》中失去肉体的Maleficent（《沉睡魔咒》中的魔女玛琳菲森特），为了扭转自己的失败，时空穿越至过去，却误进「追体验空间」。
在被Player打败后，Maleficent困在了「追体验空间」中无法回到原本的时代。这时她遇上了名为「黑暗」的人，他声称能帮她回到原来的时代。
-王国之心 Union X
「蒲公英」的追体验继续进行。
在Ephemer和Skuld将真相告知Player的Chirithy后，作爲領導者的他們便遵从Ava以前的指令，在大战后回到发生战争的地方集结。
领导者(Leaders)，
是继承以前Union master任务的5人，
他們的使命是在旧世界复灭后，各自率领自己的阵营，引导着「蒲公英」的大家。
第一名领导者是Ephemer。
第二名是Skuld。
第三名是外貌和《梦中降生》主角很像的Ventus。
第四名是Brain。
第五名是和机关成员玛尔夏(Marlurxia)很像的Lauriam。
当5位leaders集结后便出发前往时计塔，按Ava大人派发给他们的「规定之书」开始为蒲公英制作另一只使魔 —— Pet。
另外，规定之书也记载了：要求「蒲公英」成员之间必须对战的規定－「Shift pride」，但五人都反对。Lauriam提出用数据做出成员来互相对战，避免心与心的冲突，五人同意并实行。
后来Lauriam为了找到同为「蒲公英」的妹妹Strelitza，进入了「追体验空间」，并找到了与妹妹同一公会、与Larxene很像的Elenar，在她口中得知在鍵刃大戰前，在Ava於噴水池演講時，妹妹、妹妹在意的人和Skuld都在附近。
之后Lauriam回到时计塔，和Skuld讨论后发现妹妹在意的人正是Player。
於是，Ephemer和Lauriam便進入追體驗空間，找到了Player來詢問，
可惜也沒問出Strelitza的行蹤，
於是Lauriam便再去找Elenar，而Elenar則在某一空間看到Strelitza的殘影，
再一追問下，Lauriam發現妹妹知道鍵刃戰爭必然會發生，開始懷疑Brain是叛徒。
同一時間，在時計塔的Brain讀出了預知書的內容，
說自己要改變世界的命運，成為「程序中的病毒」。
To be Continued.
《王国之心 梦中诞生》（BbS）
-《王国之心 梦中诞生》前
時間來到《王国之心 χ》的100年後，
某一天，居住在命运岛的少年-Xehanort，见到了时间穿越而来的Ansem，Seeker of Darkness，展开了时间穿越之旅。
经历完《王國之心 夢降深處》事件后的年轻塞阿诺特，忘记了《王國之心 夢降深處》時間穿越的记忆，回到了自己原本的时间点。
塞阿诺特（Xehanort）和艾拉库斯（Erauqs）到传承了No Name键刃的大师门下成为弟子。
之後，塞阿诺特和艾拉库斯先後成为鍵刃大师，艾拉库斯成為正式承繼人，继承了起程之地。
塞阿诺特則继承了No Name鍵刃，之后二人因對黑暗的看法不同而决裂，塞阿诺特為了探求鍵刃戰爭的真實，使用了黑暗的力量，離開了起程之地，到外面的世界旅行。
多年後，艾拉库斯大師将泰拉（Terra）及阿库娅（Aqua）纳入门下。
《王國之心 夢中誕生》4年前，
塞阿诺特感到自己肉體日漸衰老，未必能堅持到自己完成實驗的日子，
於是他将维恩图斯（Ventus，下稱維恩）纳入门下，打算作為他的下一具肉體(Body)，
可惜维恩太軟弱了，未能使用出黑暗力量，因此塞阿诺特把他投入另一項計劃之中。
塞阿诺特為了探知鍵刃戰爭的真實，決定重現鍵刃戰爭，為此需要再制作出χ-blade，而χ-blade所需要的材料正是「純粹光之心」和「純粹暗之心」，
於是，他使用No Name鍵刃將维恩图斯內心黑暗的部分分割出來，由此巴尼塔斯誕生，
但在心被分割之後，巴尼塔斯過於強大，令维恩剩下的心卻開始崩潰，
但之後维恩與剛出生的索拉(Sora)産生了共鳴，
索拉補完了維恩破損的心，使他回復正常，
於是塞阿诺特便將純粹之光的維恩送交給艾拉库斯照顧，自己則培養純粹之闇的巴尼塔斯。
而且在這途中，塞阿诺特發現了艾拉库斯的弟子泰拉具有黑暗的資質，決定以後將他成為自己新的容器/肉體。
-《王国之心 梦中诞生》
「所有的命運都是必然，沒有偶然。」
《王国之心1》的10年前，《夢中降生》故事开始。
塞阿诺特爲了達成目的，
參加了泰拉和阿庫婭的鍵刃大師承認考試，使泰拉在考試中使用出黑暗的力量，
最終使泰拉沒能通過考試，
再者，他讓由巴尼塔斯的情感中所誕生的無知(Unversed)到各世界搗亂，
誘使泰拉和阿庫婭出外調查，
再讓巴尼塔斯讓維恩追隨泰拉而去，
令三人都離開了啟程之地。
在漫長的旅程中，
泰拉逐漸身陷Xehanort的陰謀之中，
在期間感受了光之力，去到命運島，把鍵刃繼承給了幼小的利庫。
阿庫婭則是追隨著另外兩人，在旅途中，在光輝庭院偶遇了幼小的凱莉，並無意中讓她繼承了鍵刃之力，同時在凱莉身上施加了「守護」的魔法，
之後她也在命運島遇見了索拉和利庫，並叫索拉不要輕易放棄自己的朋友。
維恩則恢復了記憶，知道了自己是作為χ-blade的材料而存在的。
維恩對身世感到懷疑，回到啟程之地打算質問艾拉库斯，
艾拉库斯卻想將其封印以阻止χ-blade的完成，泰拉則趕來阻止並送走了維恩。
在二人戰鬥期間，塞阿诺特偷襲艾拉库斯並殺死了他，
最終泰拉得知自己被利用。
泰拉、阿庫婭和維恩到達鍵刃墓地決戰，
之後，泰拉被Xehanort侵佔了身體，成為了Terra-Xehanort，
但寄宿在鎧甲的泰拉思念與其戰爭，並打敗了他。
另一方面，
Aqua雖打敗了Braig，但卻被Vanitas擊昏，
之後Ven和Vanitas融合，產生了χ-blade，
最終Ven以自身內心粉碎為代價，在內心打敗了Vanitas，
Aqua和米奇在外部破壞了χ-blade，
χ-blade破壞的力量溢出，使所有人四散。
之後米奇把Aqua和Ven救回Yen Sid大人所在的魔法師之塔，
但由於Ven內心已粉碎，此時已剩下軀殼了，
於是Aqua把Ven帶回啟程之地，用大師鍵刃將啟程之地變成忘卻之城後，
就將Ven藏在忘卻之城的覺醒之房間了。
之後Aqua前往光輝庭院找到變成Terra-Xehanort的Terra，
兩人展開了對戰，在戰爭期間，Terra恢復了意識並將鍵刃插進體內，自己墮入黑暗當中，Aqua為了救Terra也跳進黑暗之中，
最終用鍵刃和鎧甲送走Terra，但自己卻被困暗之世界中，無法回到光之世界。
贤者安赛姆（Ansem the Wise）在光輝庭院拾到失忆的Terra-Xehanort後，將他收为弟子，被称为学徒塞阿诺特（Xehanort）。
同時，Ven的心之碎片再次與當初補完自己的Sora再次產生共鳴，
Sora決定再次接納他，於是Ven就這樣沉睡在Sora心中。
-夢中降生之后、王國之心1之前的故事
《王国之心》的9年前、梦中降生1年后，
贤者安赛姆為了探明心的真相，決定展開對人心的人體實驗，期後因犧牲過多的人而中止實驗。
另一方面，成為鍵刃大師的米奇發現流星變多，認為這是世界的異變，
決定前往各個世界調查原因，並在光輝庭院遇見了賢者安塞姆。
之後沒多久，学徒塞阿诺特进入记忆恢复装置、打开在光輝庭院的暗之扉，並与其余五名弟子背叛贤者安赛姆，將他放逐到暗之世界。
後來学徒塞阿诺特自稱安塞姆，並在實驗中得知了生命是由心、肉體和靈魂所組成，為了進行更深入的研究，決定将自己分裂成兩個個體，
人心之暗的具現化—無心(Heartless)的无心安赛姆（Ansem，Seeker of Darkness），
剩下的肉體和靈魂—无存(Nobody)的杰姆那斯（Xemnas）。
无心安赛姆發現凯莉為純粹之光，將其送离光辉庭院后便踏上了时间旅行，
最終凯莉到達了命運島，遇見了Sora和Riku。
而無存方面，另外五名弟子也捨棄了肉體，與杰姆那斯一同組成了XIII機關。
及後光辉庭院被魔女梅尔菲森特（Maleficent）和無心軍團入侵，遭到嚴重破壞，並改名虚空城。
之後梅尔菲森特与各个世界的恶党结盟，入侵各个光之世界，绑走光之公主们，同时多个光之世界堕入黑暗，包括梦想城堡、矮人森林、魔法领地等。
《王国之心》（Kh1）
「不要忘記，我會一直在你的身邊。」
-《王国之心》
《王国之心1》故事开始，
以外來的Kairi為契機，Sora和Riku對外面的世界產生興趣，
於是，三人決定制作木伐到外面的世界旅行。
另一方面，国王米奇爲了解決無心增多的問題，決定书写信件离开城堡并进入暗之世界尋找暗之鍵刃。
-《王国之心 0.2 梦中诞生 斷章》
同時，被困在暗之世界阿库娅与Dark Hide战斗後，0.2故事開始，阿库娅到达堕入黑暗世界的梦想城堡、矮人森林和魔法领地。
（暗之世界时间没有流动，光之世界时间继续流动。）
回到命運島這邊，Sora, Riku和Kairi在出發前一天，
一個風暴襲擊了命運島，命运岛也因遭到無心入侵世界的心而被黑暗所吞沒，這時索拉也得到了一把稱為「鍵刃」的神秘鑰匙形狀的劍，而同時索拉也與利克和凱莉分離了。
同一時間，《梦降深处》時間穿越而來的索拉和利库到达灭亡前的命运岛，进入梦之世界。
之後，索拉在一個名為交叉鎮的城鎮中醒了過來，結識了唐老鴨和高飛，他們便開始了尋找國王與好友的旅程。
在這旅程中，他們要對抗會搶奪世界之心的無心，而唯一方法就是用鍵刃把世界的鍵穴鎖上，而控制無心大軍的正是梅尔菲森特与各个世界的恶党，因此Sora他們要在旅程中既對付惡黨們的陰謀，也要鎖上世界之心的鍵穴。
同時，梅爾菲説自己可以拯救Kairi，欺騙了利庫來幫她收集擁有純粹光之心的光之七公主，最終使Sora和Riku決裂。
當索拉到達了虛空城時，發現利庫已經開始使用黑暗力量，在被Sora打敗後甚至一刀刺進了梅爾菲森體內，使她力量暴走而攻擊Sora。後來Sora發現利庫已經被無心(Heartless)的无心安赛姆所支配和控制，目的是爲了集齊七位擁有純粹光之心公主，來打開通往由世界之心集結而成的王國之心的道路－暗之扉。
而此時，索拉得知凱莉的心在自己體內，
於是他為了釋放凱莉的心而讓自己的心解放，同時轉化為無心。
Kairi的心回到了身體，暗之扉也被打開了，
不過變成無心的Sora因凱莉心中的光恢復了原狀。
同一時間，失去了肉体的Maleficent，为了扭转自己的失败，时空穿越至过去，却误进Unchained 的「追体验空间」。
另一方面，由於索拉的心和凱莉的心離開了肉體的原因，凱莉的無存－娜米妮（Namine），和索拉的無存－洛克萨斯（Roxas）诞生。
娜米妮被XIII機關捉走，被關到忘卻之城內，
洛克萨斯則被杰姆那斯命名，成为第十三名的机关成员。
索拉爲了鎖上暗之扉，再次到访虚空城，在路上与杰姆那斯战斗，杰姆那斯获得索拉的记忆碎片。
及後，洛克萨斯与杰姆那斯于暗之海岸進行对话。
另一方面，阿库娅在暗之世界重遇泰拉及维恩，塞阿诺特得知觉醒的房间，後來阿库娅遇上米奇，开始了二人在暗之世界的旅程。
《358/2》故事开始，在洛克萨斯進入機關7天後，由Sora記憶碎片制成的希恩（Xion）加入十三机关。
Sora到達終焉的世界，借由王國之心內釋放出來的光明打倒了无心安赛姆，
同時，米奇获得暗之鍵刃—「王国之键D」，利库亦因无心安赛姆而墮入暗之世界。
於是，利庫、米奇与索拉在光暗世界两侧关上了「王国之心」的大门，被無心吞噬的命运岛與大部分光之世界重生，
利库、米奇、阿库娅留在暗之世界，Kairi回到了命運島，
索拉則決定為了找回利庫和米奇，決定繼續和唐老鴨和高飛旅行。
-《王国之心 358/2天》（358）前半
Sora的無存—洛克薩斯在成為了XIII機關的一員後，
他每天都得出任務，使用自己的鍵刃打倒無心，由此讓機關蒐集人之心，制造出人造的王國之心。
在多次的任務後，洛克薩斯和亞克賽爾(Axel)的關係逐漸變好，成為了朋友，
但之後亞克賽爾因任發出發前往忘卻之城了，
而在亞克賽爾出發後，洛克薩斯與機關的新成員，希恩一起出任務，兩人感情越來越好。
《王国之心 記憶之鏈》（Com）
「為了得到之後再失去，亦或是為了失去之後再得到。」
索拉、唐老鴨和高飛在尋找利庫和米奇的路上，遇見了一位穿黑衣人，這黑衣人把他們引導至忘卻之城內，在忘卻之城裡，黑衣人給了Sora一張由Sora記憶所構成的卡片，讓他們使用卡片在城中各個記憶世界中冒險。
同時，由於索拉进入忘却之城，在機關那邊，洛克萨斯開始昏迷。
為了再見到摯友，索拉選擇了繼續向前邁進，
但是，越是前進，重要的記憶就越是漸漸失去，
而這些全都是，為了使鍵刃使者Sora為自己所用，機關成員—馬魯夏(Marluxia)的陰謀，
他利用娜米妮能夠改寫Sora記憶的能力，將Sora心中對Kairi的記憶，替換成Namine。
之後，利庫以敵人出現在索拉面前，並宣稱娜米妮是由他來保護的，於是索拉也與利庫展開了戰鬥。之後Sora在戰敗的機關成員—亞克賽爾口中得知，他所擊敗的利庫也只是機關所製造的複製品而已。最終在複制品的利庫的幫助下，索拉成功擊敗了馬魯夏，救出了娜米妮。
最後，索拉選擇讓娜米妮修復自己的記憶，但這會讓他陷入沉睡並忘記在忘卻之城發生的一切，於是索拉與娜米妮約好不會忘記她，並會在修復記憶後向她致謝和成為朋友。
同時，由於索拉进入記憶恢復裝置，洛克萨斯苏醒。
另一方面，利庫也由一個神秘聲音引導下，來到了「忘卻之城」，於是他開始在忘卻之城中冒險，並與他心中的黑暗和无心安赛姆展開戰鬥。
機關也注意到了利庫內心中黑暗的力量，也希望據為己有，在與機關的戰鬥中，利庫快屈服於黑暗的時候，米奇呼喚了他，並給予利庫繼續面對黑暗的動力和勇氣。
最終利庫識破與他戰鬥的无心安赛姆是由一名叫作DIZ假扮的，DIZ叫他去找娜米妮，然後便消失了。
利庫來到娜米妮的所在地前，他遇到了偽利庫，並與其展開了戰鬥，最終利庫擊敗了偽利庫，偽利庫被消滅。
最後，利庫見到了娜米妮和沉睡的Sora，
他下定了決心，要正視自身的黑暗，
隨後他戰勝了真正的无心安赛姆，與米奇一同離開了忘卻之城，
利庫最終選擇了邊抱持著心中的黑暗、邊邁向光的道路—黎明之路。
-《王国之心 358/2天》（358）後半
「已經無法回憶起重要的回憶。」
自亞克賽爾從忘卻之城回來後，
亞克賽爾、洛克薩斯和席恩就經常在完成任務後，一邊聚在黃昏鎮的鐘樓上吃海鹽冰，一邊聊天，
不應該擁有心的無存—他們會在這過程中萌生出相互重視彼此的感情。
但這無可取代的日子，卻突然崩壞了，
守護著沉睡中Sora的Riku，打倒了Xion，
以此事情為契機，隱藏在Xion身上的秘密逐漸曝光，
Xion原本是由Kh1時杰姆那斯從Sora身上奪取的記憶構建而成，Sora的複制品，
XIII機關就是打算Xion以Sora的無存—洛克薩斯為媒介，吸收和奪取Sora的記憶和力量，
而且Xion再這樣下去，終有一天會連洛克薩斯也被吸收進去。
最終，Xion闖入忘卻之城並發現了自己的「真實身份」，
為了讓洛克薩斯不受傷害，她作出了選擇，決定背叛XIII機關。
在洛克薩斯幾次說服不果後，
亞克賽爾用武力帶走了Xion，但在途中就體力不支倒下了，而Xion被杰姆那斯帶走了，
在得知了Xion的一些事實後，洛克薩斯也開始對自己的存在感到困惑，於是也背叛XIII機關。
最終Xion變成了Sora的樣子，這代表了Xion作為Sora的複制人，快要完成了，
而她正要打倒洛克薩斯，獲得Sora所有的記憶，
兩人在黃昏鎮鐘樓展開了戰鬥，
最終Xion也達成了自己的願望：讓自己被打倒，
由於Xion是由Sora的記憶所組成，當記憶回歸Sora回歸時，所有人心中對Xion的記憶也會消失，即是沒人會記得她。
伴隨著混亂與憤怒，洛克薩斯為了摧毀「王國之心」，打算自己一個人打倒整個XIII機關，但是現在的洛克薩斯不可能戰勝機關，如果他在這裡戰敗了，那索拉就再也醒不過來了，於是利庫出來制止了他，在快被洛克薩斯打倒之際，利庫釋放心中的黑暗，使用了无心安赛姆的黑暗力量，打倒了洛克薩斯。
DIZ為了方便Sora和洛克薩斯融合，
將捉到的洛克薩斯，洗掉一切記憶，放進虛擬黃昏鎮之中。
洛克薩斯很興奮地跑向與他的朋友聚集的老地方。而他的暑假就只剩下最後的七天了。
《王国之心 II》（Kh2）
「在這片天空(Sora)所相連的世界，我相信我們最終抵達的地方是一樣的。」
故事承接《358/2》的結局，
洛克薩斯在虛擬黃昏鎮中度過了七天的暑假後，
他終於才想起自己的一切和真正的記憶，隨後他發現沉睡在記憶裝置的Sora，便知道是自己的暑假（人生）要結束了。
由於洛克薩斯的回歸，索拉最後的記憶碎片也回到了他身上，
經過一年的沉睡後Sora、唐老鴨和高飛也終於醒了過來，在米奇的引導下，他們在Yen Sid大師處得知了世界正在面對新的威脅，那正是無存及其領導者—XIII機關的侵襲，於是Sora他們再次開始了新的旅程。
在旅程中，Sora得知在命運島的Kairi遭到了XIII機關的綁架，於是Sora為了尋找Kairi而來了黃昏鎮，並借助洛克薩斯渡過他最後七天的虛擬黃昏鎮，找到了通往機關城堡—不曾存在的世界的道路，但在途中遇到無存的埋伏，亞克賽爾則為了保護作為洛克薩斯的無存—索拉，而與無存群戰鬥並犧牲了自己。
最終，他們來到了機關城堡，打敗了剩餘的機關成員，救出了Kairi，
同時也見到為了讓索拉蘇醒而變成无心安赛姆外貌的利庫，
及後，他們遇見了真正的賢者安塞姆，也就是那個自稱為DIZ的人。
在使Sora蘇醒後，他對自己犧牲了眾多的小孩，盲目地達成自己對弟子們復仇這事感到後悔，
作為補償與贖罪，決定前來數據化機關的王國之心，使他們計劃失敗，
可惜心無法數據化，最終引發了大爆炸，
雖然炸毀了王國之心和使利庫恢復了原貌，但賢者安塞姆也捲入了爆炸之中，沖擊波使他墮入暗之世界中。
之後，在城堡的頂部，Sora一行人打敗了機關首領—杰姆那斯，
娜米妮則為眾人開起了往命運島的道路，並與洛克薩斯各自回歸了各自的本體—Sora和Kairi的體內。
在Sora和Riku正要走進通路之時，通道卻突然關閉了，原來杰姆那斯尚未被打倒，於是二人和他展開決戰。
雖然Sora和Riku最終打倒了杰姆那斯，卻被困在暗之世界中，無法離開，最終兩人走到暗之世界盡頭的海岸上，凝視著海面。
不過之後他們拾到了由Kairi寄出瓶中信，借此該Sora和Kairi的心重新相連，打開了通往光之世界的光之扉，
兩人在旅程的終點，終於回到了他們家鄉—命運島，並與他們的朋友重聚。
《王国之心 代碼》（Coded）
「即使記錄消失，記憶也不會消失。」
《代码》故事开始。
米奇、唐老鴨和高飛在《王国之心 II》事件後，回到了自己家鄉—迪士尼越堡，
負責記錄的吉米尼意外發現他其中一本旅行筆記本中，出現了一句神秘的訊息：
「必須要讓他們的傷痛回歸治癒。」
當他們利用筆記本的記錄來制造「數據世界」來解析筆記本時，
但是資料世界中卻到處充滿了錯誤(Bug)，因此米奇需要筆記中數據的索拉(Data-Sora)協助，從筆記本中進行除錯。
在除錯的旅程途中，米奇、唐老鴨、高飛和吉米尼誤進數據世界，最終他們和數據索拉相遇，
而他們身後亦出現了一個黑衣人，那正是筆記本的數據利庫(Data-Riku)，他被筆記本選為備份資料的保管庫，換句話說，此時的數據利庫正是筆記本的本身。
數據利庫同時也解釋，此時連接現實世界與數據世界的通道被某人給掌控了，因此米奇他們也回不去現實世界，必須由數據索拉繼續清理錯誤來讓他們離開，於是數據索拉繼續了他的除錯旅程。
及後，數據索拉發現掌控兩個世界道路的人正是魔女Maleficent和她的追隨者皮特，數據索拉嘗試阻止她入侵數據世界的陰謀，但Maleficent卻摧毀了索拉的鍵刃，還綁架了作為筆記本的利庫。
雖然索拉失去了由數據組成的鍵刃，但因救人心切而直接前往虛空城拯救Riku，最後因唐老鴨、高飛與索拉之間的友情，數據索拉獲得了屬於自己、真實的鍵刃。
而皮特則是讓大量的錯誤入侵了利庫，並讓他們互相對戰，在索拉打倒利庫後，他決定進入利庫體內除錯，最後索拉在利庫體內打倒了Maleficent。
但是，和數據索拉一樣，資料狀態的索拉無心也同時存在於筆記之中，
這隻無心吸收了數據世界的所有錯誤，並打算離開數據世界，摧毀現實世界，
最終這無心被米奇和數據索拉打倒了，
為了清除一切錯誤，米奇他們需要把筆記初始化，
但由於此次數據世界的冒險，本身並沒有記載在筆記中，因此在初始化時會被覆寫，
因此米奇和數據索拉道別，回到現實世界。
而在回到現實世界的路上，經歷了數據世界的冒險，Maleficent和皮特聊起了「預知書」的傳說，
最終，他們開始了新的陰謀。
在初始化後，筆記恢復正常，但那段訊息依然是個謎團，
回到了現實世界之後，米奇他們從數據利庫口中得知筆記中出現了「新的資料」，因此他們又需要數據索拉再幫他們一次了。
「新的資料」正是忘卻之城，為了驗證索拉是否擁有可以接受傷痛的力量和方法，數據洛克薩斯(Data-Roxas)擋在了他的面前，在確認了索拉有撫平傷痛的力量後，他放行他們前往數據娜米妮(Date-Namine)的所在地。
留下謎團訊息的正是數據娜米妮，她希望借此訊息通知外部的人們，現實中的索拉有著與他有連結人們的記憶，而那些人正處於傷痛之中，希望現實的索拉能拯救他們。米奇答應了數據娜米妮的請求，會將此事轉達給索拉，而完成使命的數據娜米妮滿足地消失了。
回到現實世界後，米奇馬上提筆寫了一封信給真正的索拉，告訴他還有人正等著索拉來拯救他們。
-《王国之心 代碼》後，《王国之心 夢降深處》前
阿库娅与贤者于暗之海岸相遇并对话，
同時，在命運島的索拉三人收到了来自米奇的瓶中信，最後索拉決定重新他的旅程，跟Kairi再次道別，凯莉再次把守护符交给他。
及然，米奇到達魔法師之塔，
Yen Sid向他說明无心安赛姆和無存杰姆那斯被打倒了，作為本體的塞阿諾特大師也即將復活，
因此他緊急召開針對索拉和利庫的鍵刃大師承認考試。
《王国之心 夢降深處》(DDD)
《梦降深处》故事开始。
索拉和利库开始了键刃大师承認考试，為了解放7個沉睡的鍵穴，得到新的力量，
但沉睡的鍵穴位於未能恢復完全、還陷入沉睡的世界—「夢之世界」中，
由於沉睡的世界无法通往，连无心也无法入侵，
因此他們需要時間穿越回《王國之心1》时代，伴隨毀滅的命運島，进入了梦之世界。
而由於梦之世界沒有無心，因此有與其黑暗相应的存在，就是食梦者，
食梦者分为两种，「妖精」（Spirit）和「梦魇」（Nightmare），
妖精是专门吃恶梦，善良的食梦者，作为Sora和Riku在梦之世界的战斗夥伴。
梦魇是把美梦吃掉后，植入恶梦的邪恶食梦者。
但是，
在他們進入夢之世界後卻出現了異常，Sora和Riku在考试时虽然进入了同一个世界，但处於不同的空间，虽然看到对方的影像，但却不能进行接触和沟通，於是他們只能一邊解放沉睡的鍵穴，一邊嘗試解開異常的原因。
另一方面，在光之世界，
因為亞克賽爾被消滅，作為本體的利亞(Lea)也在光輝庭院復活，
但是，同一時間、同一地方中，作為弟子的Xehanort、Braig和Isa卻不見了蹤影，
於是利亞決定用暗之回廊到其他世界尋找他們。
之後，魔女Maleficent和皮特為了得到數據世界而綁架了米妮，
剛好到達利亞和米奇一行阻止了他們，
而利亞則伴隨米奇他們回到魔法師之塔，向Yen Sid申請成為鍵刃使用者，並開始訓練。
另一方面，在夢中世界，
索拉他們解放了7個沉睡的鍵穴，卻沒有回到現實世界，
而是到達了機關城堡—不曾存在的世界。
原來一切都是真XIII機關的陷阱，
一切都是源於无心安赛姆，無心安赛姆在《王國之心 夢中降生》1年後誕生，
沒有肉體、作為無心的他進行了時間穿越，回到了過去，
将穿越时空的力量和《梦降深处》的事情告知了Young Xehanort，
之後Young Xehanort开始穿越时空，
将各个时间点的「自己」聚集至Master Xehanort回归完整的人类的时间，即《梦降深处》的現在。
同時Young Xehanort进入了「Sora的梦」，利用梦魇Red eye来让Sora沉入昏迷，不过Riku無意識地作为妖精出现在「Sora的梦」，
因此，Xeharont派出伪.Ansem作妨碍。
他们这样做的目的在於把Sora困於梦中，
让Sora成为Xehanort的容器，真XIII机关的成员、暗之探求者、最后1片纯粹之暗。
最後真XIII機關成功使Sora的心陷入沉睡並墮入黑暗之中，
Riku則打敗梦魇Red eye和无心安赛姆，成功離開「Sora的梦」，
之後雖然Riku打敗了Young Xehanort，但同時Master Xehanort成功回歸。
此時Master Xehanort告知了利庫和米奇他真正的目的，
他希望透過7片純粹之光和13片純粹之暗的衝突，重新制造出χ-blade，由此召喚出傳說中的真王國之心，
真XIII機關正是13片純粹之暗，Xehanort的容器，暗之探求者，
剩下則是需要7位光之守護者，
而在說完之後，Xehanort便馬上把純粹暗之心射向Sora，把Sora變成暗之探求者。
但幸好利亞、唐老鴨和高飛及時趕到，暫時擊退了真XIII機關，
而此時Young Xehanort的時間穿越魔法也失效，真XIII機關撤退，
他們救回了Sora。
但是Sora仍被惡夢所困，墮入黑暗之中，
於是利庫再次進入索拉的夢中，使用覺醒的力量，打敗Sora體內的夢魘，使Sora蘇醒過來，
在途中，利庫見到在Sora心中的數據賢者安塞姆，他送給利庫有關拯救其他人的重要數據後，便把利庫送回現實世界了。
Sora在現實世界蘇醒過來，Riku由於這次的事情，成為了鍵刃大師，
但由於Sora墮入了黑暗，並失去了以往所有的能力，沒能獲得鍵刃大師的資格，
最後索拉認可了此事，決定回到梦之世界向食梦者们道谢。
-《王国之心 夢降深處》後，《王国之心 III》前
利庫受Yen Sid之命，把Kairi請來了魔法師之塔，
凯莉和利庫到达魔法師之塔，聆听米奇诉说《王国之心 0.2 梦中诞生 斷章》的故事。
之後，利庫和米奇進入暗之世界尋找阿庫婭。
凯莉與利亞展開了作為鍵刃使用者的訓練。
索拉則為了重新獲得覺醒的力量，和唐老鴨與高飛重新开始了旅程。
